Ponadto istnieje możliwość dezynfekcji wody zastosowanej w procesie mycia - to opcja szczególnie zadowalająca miłośników ekologii, gdyż dzięki niej z procesu mycia do środowiska naturalnego dostaje się znacznie mniej zanieczyszczeń. Mycie, jak i dezynfekcja endoskopów przy wykorzystaniu tego rodzaju specjalistycznych urządzeń jest niezwykle dokładnie i starannie przeprowadzane.